Basierend auf seinen Studien der Rechtswissenschaft und der Philosophie und Rechtsphilosophie hat Karl von Habsburg sich schon immer sehr für humanitäres Völkerrecht, das Selbstbestimmungsrecht der Völker und den Schutz von ethnischen Minderheiten interessiert.

Bereits in seiner ersten politischen Funktion als Assistent des ehemaligen bayrischen Ministerpräsidenten Dr. Alfons Goppel, MEP, hat er sich intensiv mit den Fragen der Rechte ethnischer Minderheiten in Europa beschäftigt. Dieses Kernthema hat wesentlich sein Handeln als Präsident der Paneuropabewegung Österreich und später als Mitglied des internationalen Vorstands der Paneuropa-Union geprägt. Auch als Abgeordneter zum Europaparlament wirkte er drei Jahre lang unter anderem als Sprecher für Menschenrechte und Minderheitenrechte. Und auch seine Funktion als Generaldirektor der Unrepresented Nations and Peoples Organization, einer Interessenvertretung für Staaten, Nationen und Völker, welche bei den Vereinten Nationen nicht als Staaten anerkannt sind, im Jahr 2002/2003 erklärt sich aus diesem Interesse und seinem konkreten Engagement.

Aufgrund seiner Erfahrungen im Rahmen der Kriege im ehemaligen Jugoslawien nahm er auch die hohe Bedeutung der Kultur und des Kulturerbes für die Menschen, eine Gesellschaft und insbesondere ethnische, aber auch religiöse bzw. kulturelle Minderheiten wahr. So integrierte er auch den Kulturgüterschutz im völkerrechtlichen Sinne (also im Sinn der Haager Konvention von 1954/1999) in sein humanitäres Programm und Engagement. Dass er dann im Jahr 2003 aufgrund seiner akademischen Expertise und seiner politischen und praktischen Erfahrung im Rahmen seiner Wehrpflicht als Offizier des Österreichischen Bundesheeres zum Kulturgüterschutzoffizier beordert wurde, ist nur konsequent.

Parallel dazu wurde Karl von Habsburg zum Vizepräsidenten der Österreichischen Gesellschaft für Kulturgüterschutz gewählt. Diese Organisation behandelt allgemeine Herausforderungen des Kulturgüterschutzes im völkerrechtlichen Sinne in Österreich sowie auch sehr konkret Fragen und Probleme des militärischen Kulturgüterschutzes im Österreichischen Bundesheer; gegründet im Jahr 1980 von seinerzeitigen Kommandanten der Luftschutztruppenschule des Österreichischen Bundesheeres, Bgdr. Roman Schlauss, steht diese Organisation, die auch als „wehrpolitisch relevanter Verein“ anerkannt ist, mit zahlreichen Milizoffizieren im erweiterten Vorstand dem Bundesheer traditionell sehr nahe.

Seit dieser Zeit, also seit etwa 15 Jahren ist Karl von Habsburg auch als Experte, Beobachter, Referent und Trainer für humanitäres Völkerrecht und Kulturgüterschutz international tätig, u.a. für die UNESCO und das Rote Kreuz (IKRK).

Im Jahr 2008 wurde Karl von Habsburg zum Präsidenten der Association of National Committees of the Blue Shield (ANCBS) gewählt. Diese UNESCO-affiliierte Organisation für Kulturgüterschutz bei bewaffneten Konflikten und Naturkatastrophen mit Sitz in Den Haag ist einerseits die Dachorganisation für alle Blue-Shield-Nationalkomitees, koordiniert also weltweit die Entwicklung der Gesamtorganisation und das Zusammenwirken der einzelnen Nationalkomitees. Andererseits funktioniert sie auch als eine Art zentrales Komitee, das den Informationsaustausch mit der UNO, der UNESCO, dem Roten Kreuz und anderen Organisationen sowie fallweise auch nationalen Regierungen pflegt. In den vergangenen 10 Jahren hat sich die Zahl der operativen Nationalkomitees unter Karls Anleitung etwa verdoppelt, die Struktur der Organisation wurde vereinfacht. Karl selbst hat zahlreiche „Fact Finding Missions“ in Krisenregionen geführt, etwa nach Ägypten, Libyen, Mali u.v.a. und Lageberichte erstellt, die internationalen Organisationen und nationalen Regierungen als Entscheidungshilfen dienen. Dabei hat er neben den klassischen Agenden des Kulturgüterschutzes im zivilen und im militärischen Bereich sowie in der zivil-militärischen Zusammenarbeit (ZMZ) auch die Koordination von Maßnahmen gegen den illegalen Handel mit in Kriegs- bzw. Krisengebieten geraubtem Kulturgut im Aufgabenspektrum der Organisation etabliert.

Seit 2010 ist er der Vorsitzende des Beirats des Kompetenzzentrums für Kulturerbe, Kulturgüterschutz und Kommunikation an der Universität Wien, das akademisch-wissenschaftliche Zentrum des Österreichischen Nationalkomitees Blue Shield. Seit 2012 ist er auch Mitglied des Herausgebergremiums der monografischen Reihe ‘Heritage and Identity’ im Leidener Brill-Verlag. Im gleichen Jahr erhielt er gemeinsam mit ObstLt (Res) Dr. Joris Kila den ARCA-Award der internationalen Association for Research into Crime against Art mit Sitz in Rom für ihre Arbeit in Ägypten und Libyen.

Die bisher höchste Würdigung für sein Engagement im Bereich des humanitären Völkerrechts war die Verleihung der Ehrendoktorwürde der Paneuropäischen Universität Bratislava im Oktober 2014.