Am Ende des Zweiten Weltkriegs kehrte Otto von Habsburg zurück nach Europa und setzte sich für die Einigung des Kontinents ein. Er arbeitete seit dem gemeinsamen Exil in den USA eng zusammen mit dem Gründer der Paneuropa-Union, Richard Graf Coudenhove-Kalergi, dessen Nachfolger als Internationaler Präsident der Paneuropa-Union er 1973 wurde. Dieses Amt hatte er 31 Jahre lang bis 2004 inne. Nach Österreich konnte er erst 1966 nach 48jährigem Landesverweis und fünfjährigem Rechtsstreit wieder einreisen.

Von 1979 bis 1999 war Otto von Habsburg Abgeordneter der CSU im Europäischen Parlament. Hier wirkte er insbesondere im Außenpolitischen Ausschuss, setzte sich für die Völker jenseits des Eisernen Vorhangs ein und kämpfte für das Selbstbestimmungsrecht der Völker, für Minderheitenrechte und für eine rasche Osterweiterung nach dem Zusammenbruch des Ostblocks 1989. Im Jahr 1989 war er der Initiator und Schirmherr des Paneuropäischen Picknicks an der österreichisch-ungarischen Grenze, bei dem mehr als 600 Deutsche aus der „DDR“ in die Freiheit gelangten. Auch nach seinem Ausscheiden aus dem Europäischen Parlament im Jahre 1999 blieb Otto von Habsburg aktiv als Redner und Politiker. Otto von Habsburg war Träger zahlreicher in- und ausländischer Auszeichnungen.   Otto von Habsburg war verheiratet mit Prinzessin Regina von Sachsen-Meiningen (1925-2010). Das Paar lebte seit 1954 in Pöcking am Starnberger See und hat sieben Kinder: Andrea, Monika, Michaela, Gabriela, Walburga, Karl und Georg. Seit 2007 ist Karl von Habsburg Chef des Hauses. Otto von Habsburg starb am 4. Juli 2011.  

Ein besonderer Höhepunkt für die Familie war die Seligsprechung von Kaiser Karl durch Papst Johannes Paul II. am 3. Oktober 2004. Der Papst empfahl den Friedenskaiser allen christlichen Politikern als Vorbild.